Prawidłowe unieszkodliwianie odpadów (w sposób zgodny z obowiązującymi przepisami prawa) powinno stanowić jeden z priorytetów w prowadzeniu odpowiedzialnej i nowoczesnej praktyki weterynaryjnej. Dla zakaźnych odpadów weterynaryjnych przewidziano ściśle określoną metodę gospodarowania odpadami, dotyczącą zarówno sposobu postępowania (unieszkodliwianie), jak i technologii (spalanie w spalarni odpadów niebezpiecznych). Zakaźne odpady weterynaryjne powinny być unieszkodliwiane przez termiczne przekształcanie w spalarniach odpadów niebezpiecznych, polegające na istotnej przebudowie struktury odpadu kończącej się na procesie jego spopielenia (D10). Jednym z ważniejszych etapów tego procesu, na który ma bezpośredni wpływ lekarz weterynarii, jest magazynowanie zakaźnych odpadów weterynaryjnych w odpowiednich warunkach (uwzględniających czas, temperaturę, dostosowanie do właściwości odpadów, oznaczenie itp.).